Para ter desconto em compras usando o seu CNPJ, basta informar que quer comprar como Pessoa Jurídica. A loja irá preencher um cadastro para você.
Caso o seu MEI seja muito recente, pode levar até 20 dias para seu CNPJ constar nos sistemas da lojas. Então, se te informarem que o CNPJ não existe, não precisa se preocupar. Isso acontece porque eles ainda não receberam seus dados. É só aguardar mais algumas semanas e retornar.