Se você já recebia o PIS sendo funcionário de carteira assinada (CLT), não deixa de receber por ter aberto um CNPJ. Mas se você não recebia antes, não passa a ter direito ao PIS porque abriu um CNPJ, já que é um direito garantido somente através do registro em carteira.
Caso queira saber mais sobre esse assunto, acesse o nosso vídeo aqui.