Sim, a parcela do seu empréstimo consignado continua sendo descontada mesmo quando você está de férias e também quando retorna das suas férias.
Isso ocorre porque o desconto da parcela do empréstimo consignado é feito diretamente na folha de pagamento e as férias são consideradas um período de licença remunerada, não alterando a forma de recebimento do salário.
Portanto, mesmo que o valor do seu salário possa sofrer alguma alteração devido a bônus de férias ou adiantamentos, o desconto da parcela do consignado permanecerá o mesmo, sendo feito no momento do crédito do seu salário, seja durante as férias ou no seu retorno. Programe-se para que esse desconto seja considerado em seu orçamento.